Program studi S-1 Administrasi Kesehatan Institut Teknologi Kesehatan dan Sains Wiyata Husada Samarinda (ITKES-WHS) adalah bentuk pengembangan dari ITKES-WHS yang sebelumnya berbentuk Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Wiyata Husada Samarinda (STIKES-WHS). STIKES-WHS berdiri pada tanggal 7 Juli 2008 berdasarkan SK Mendiknas RI No. 129/D/O/2008. Memiliki  3 (tiga) Program Studi, yaitu S-1 Keperawatan, D-3 Kebidanan, dan D-3 Analis Kesehatan. Ketiga program studi tersebut telah terakreditasi oleh BAN-PT pada tahun 2011 dan pada tahun 2013, STIKES-WHS telah menambah program studi baru yaitu Profesi Ners.

Pada tahun 2015, STIKES-WHS telah terakreditasi B (Baik) oleh BAN-PT. Kemudian pada tahun 2016, ketiga program studi, yaitu S-1 Keperawatan, D-3 Kebidanan, dan Profesi Ners mendapat akreditasi B (Baik) oleh LAM-PTKes, sedangkan tahun 2017 program studi D-3 Analis Kesehatan juga telah terakreditasi B (Baik) oleh LAM-PTKes. Tahun 2018, STIKES-WHS menambah 3 (tiga) program studi baru yaitu Sarjana Terapan Teknologi Laboratorium Medik, Profesi Bidan dan S-1 Fisioterapi.

Sebagai institusi kesehatan, STIKES-WHS terus berbenah dan mengembangkan diri dalam menjawab tantangan dan juga kebutuhan dari para stakeholdernya. Untuk itu dengan penuh pertimbangan dan harapan besar untuk yang lebih maju, maka STIKES-WHS mengajukan perubahan bentuk perguruan tinggi sekaligus penambahan program studi S-1 Administrasi Kesehatan menjadi Institut Teknologi Kesehatan dan Sains Wiyata Husada Samarinda (ITKES-WHS). Sehingga pada tanggal 18 Oktober 2019,  resmilah STIKES-WHS berubah bentuk menjadi  Institut Teknologi Kesehatan dan Sains Wiyata Husada Samarinda (ITKES-WHS) sekaligus menjadi awal berdirinya program studi S-1 Administrasi Kesehatan berdasarkan SK Menristekdikti No. 1040/KPT/I/2019.